從生化角度來看，細菌正常生長和繁殖的核酸（RNA）和脫氧核糖核酸（DNA）是由若干氫鍵緊密連接而成的卷曲大分子，微波導致氫鍵松弛、斷裂和重組，從而誘發(fā)遺傳基因或染色體畸變，甚至斷裂。微波殺菌設備正是利用電磁場效應和生物效應起到對微生物的殺滅作用。實踐證明采用微波裝置在殺菌溫度、殺菌時間、產(chǎn)品品質(zhì)保持、產(chǎn)品保質(zhì)期及節(jié)能方面都有明顯的優(yōu)勢。

1、微波能的熱效應：在一定強度微波場的作用下，食品中的蟲類和菌體會因分子極化現(xiàn)象，吸收微波能升溫，從而使其蛋白質(zhì)變性，失去生物活性。微波的熱效應主要起快速升溫殺菌作用；

2、微波能的非熱效應：高頻的電場也使其膜電位、極性分子結(jié)構(gòu)發(fā)生改變，使微生物體內(nèi)蛋白質(zhì)和生理活性物質(zhì)發(fā)生變異，而喪失活力或死亡。在滅菌中起到了常規(guī)物理滅菌所沒有的特殊作用，也是造成細菌死亡原因之一。

3、微波殺菌、保鮮是微波熱效應和非熱效應共同作用的結(jié)果。因此，微波殺菌設備溫度低于常規(guī)方法，一般情況下，常規(guī)方法殺菌溫度要120℃-130℃，時間約1小時，而微波殺菌溫度僅要70℃-105℃，時間約90-180秒。

常規(guī)熱力殺菌往往在環(huán)境及設備上存在熱損失，而微波是直接對食品進行作用處理，因而沒有額外的熱能損耗。微波殺菌設備是通過特殊熱和非熱效應殺菌，與常規(guī)熱力殺菌比較，能在比較低的溫度和較短的時間就能獲得所需的消毒殺菌效果。微波食品殺菌處理，設備能即開即用，沒有常規(guī)熱力殺菌的熱慣性，操作靈活方便，微波功率能從零到額定功率連續(xù)可調(diào)、傳輸速度從零開始連續(xù)調(diào)整，便于控制。