微波殺菌設(shè)備是使食品中的微生物，同時受到微波熱效應(yīng)與非熱效應(yīng)的共同作用，使其體內(nèi)蛋白質(zhì)和生理活動物質(zhì)發(fā)生變異，而導(dǎo)致微生物體生長發(fā)育延緩和死亡，達到食品滅菌、保鮮的目的。

微波產(chǎn)生熱效應(yīng)的機理主要是離子極化和偶極子轉(zhuǎn)向。離子極化是指溶液中的離子在電場作用下產(chǎn)生離子極化。離子帶有電荷從電場獲得動能，相互發(fā)生碰撞作用，動能轉(zhuǎn)化為熱。偶極子轉(zhuǎn)向是指有些電介質(zhì)，分子的正負電荷重心不重合，分子具有偶極矩，形成極性分子。在外電場作用下，極性分子就會產(chǎn)生轉(zhuǎn)矩并發(fā)生換向“變極”運動。分子之間會產(chǎn)生強烈振動，引起摩擦發(fā)熱，使物料溫度升高，達到加熱目的。

根據(jù)經(jīng)典理論，在微波能量密度處于非熱效應(yīng)發(fā)生條件時，非熱效應(yīng)現(xiàn)象強于熱效應(yīng)，此時可以觀察到非熱效應(yīng)；但是當熱效應(yīng)突出時，由于非熱效應(yīng)很弱，往往為熱效應(yīng)所掩蓋。

微波利用其選擇透射作用，使食品內(nèi)外均勻，迅速升溫殺滅細菌。處理時間大大縮短。在強功率密度強度下甚至只要幾秒或數(shù)十秒即達滿意效果。微波殺菌比常規(guī)熱力殺菌在較低溫度、較短的時間內(nèi)就能獲得較好的滅蟲殺菌效果，而且無外來物污染，能夠保留更多的有效成分，保持原有的色、香、味等。

微波殺菌設(shè)備可直接使食品內(nèi)部介質(zhì)分子產(chǎn)生熱效應(yīng)，微波能可被屏蔽，而且裝置本身不被加熱，不需傳熱介質(zhì)，因此，能量損失少，效率比其他方法高。